Analysesoftware zur Auswertung mikroskopischer Bilder

 Für die Entwicklung von Alternativmethoden zum Tierversuch wird häufig auf bildgebende mikroskopische Verfahren, wie zum Beispiel Hochdurchsatzaufnahmen, zurückgegriffen. Durch die Menge der daraus resultierenden experimentell generierten Daten, ist die Auswertung per Hand nicht mehr umsetzbar. Aus diesem Grund werden automatisierte Lösungen benötigt, die auch große Datenmengen verarbeiten können und zuverlässige Ergebnisse liefern.

MIA – Microscopic Image Analyzer

Die Benutzeroberfläche der MIA-Software zeigt das Bild eines Fadenwurms (C. elegans) mit zugehöriger Detektion in grün.

Am Bf3R wurde zur Auswertung von mikroskopischen Bildern eine Software entwickelt, die mit Hilfe von maschinellem Lernen ermöglicht Bilder zu analysieren. Die Software kann dabei vom Nutzer anhand von Beispielen trainiert werden bestimmte Objekte in Bildern zu erkennen. Das so trainierte Modell kann dann verwendet werden, um experimentelle Daten auszuwerten. Um die Entwicklung von Alternativmethoden in der Wissenschaftscommunity zu unterstützen und die automatisierte Auswertung von Bilddaten zu stärken wird die Software als Open Source Lösung zur Verfügung gestellt.

Weiterführende Literatur:

Körber, N. (2022). MIA: An Open Source Standalone Deep Learning Application for Microscopic Image Analysis. bioRxiv, 1-12. http://dx.doi.org/10.1101/2022.01.14.476308